TVシリーズ化もされた人気カードゲーム・コミック「遊☆戯☆王」の劇場版第3弾カードバトル・デュエルによってネオ童実野シティを守っている不動遊星は、世界の破滅を目論む未来から来た謎の男・パラドックスに自分のエースモンスターであるスターダスト・ドラゴンを奪われてしまう。遊星は時空を超え、カードの精霊の力を使うことができる遊城十代を訪ね、そこで事件の真相を知る。2人は伝説のデュエリスト・武藤遊戯と力を合わせ、パラドックスとの壮絶なデュエルに向かう。