しげの秀一の人気コミック「頭文字（イニシャル）D」を新たにアニメーション化した劇場版3部作の第3部いまや最も注目される走り屋となった藤原拓海。当初は走り屋の自覚もなく、家業の豆腐屋の手伝いで乗っていたハチロクにも、峠のバトルにもさして興味を抱いていなかった拓海だったが、赤城最速の男・高橋涼介とのバトルを前に闘争本能が芽生え、自分の中の変化に気付いていた。一方、沈着冷静な論理派の涼介はハチロクの弱点を見抜き、バトルに向けて愛機・FC3Sの最終調整に取りかかる。そして、2人が対決する運命の日が訪れる。