被称作妖精兵器的少女们与残存的准勇者之间的虚幻而痛切的物语地上遭到正体不明的怪物“兽”的蹂躏，包括人类在内的多种族被毁灭之后的世界。勉强残存的种族离开地面，移居到名为浮游大陆群（Regulu Ere）的空中群岛上生活。在500年后的空中醒来的威廉·克梅修，在无法守护自己本欲守护之物，甚至仅剩自己一人的绝望之中度过着与世隔绝的生活，但在出乎意料地开展的兵器管理工作当中，他与少女们相遇了。